Tarihin ilk dönemlerinden itibaren Türk kavimlerinin meskûn olduğu Türkistan coğrafyası, Hunlar, Avarlar, Göktürkler, Uygurlar, Karahanlılar, Harezmîler, Saidiyye ve Kaşgairye gibi değişik adlarda devlet ve imparatorluklara ev sahipliği yapmıştır. Doğu Türkistan'ın Kaşgar ve Turpan gibi şehirleri tarihi İpek yolunun doğuyu batıya bağlayan önemli güzergâhlarını oluşturmasıyla çevresindeki halklarla çok yönlü kültürel bağlar geliştirmişlerdir. Bu bağlamda farklı dinleri benimsemiştir. Türk toplulukları son İslamiyet ile tanışması ve Karahanlılar şehzadesi olan Satuk Buğra'nın Kaşgar'da İslam dinini kabul etmesiyle Türkistan coğrafyası kısa zaman içinde Türk – İslam ilim ve medeniyetinin havzası konumuna gelmiştir. Türk ve İslam tarihinde önemli dönüm noktası oluşturan devletler içinde sayılan Karahanlılar Sultanı Abdulkerim Satuk Buğra civardaki Türk boylarının İslam'ı kabul etmeleri için mücadele etmiş, Uygurlar da İslamiyet'i kabul ettikten sonra Karahanlılar devleti ile birlikte varlığını sürdürmüştür. Karahanlılar'ın hâkim olduğu bölgelerde bilim, kültür ve sanat alanda büyük atılımlar meydana gelmiş, Yusuf Has Hâcib, Kaşgarlı Mahmut ve Edib Ahmed Yüknekî gibi alimler Doğu Türkistan'da yetişmiştir. Moğollar'ın Türkistan coğrafyasını istila etmesiyle bu bölgede yıllarca oluşan Türk İslam medeniyeti tahrip olmuş, Doğu Türkistan halkı uzun süre dini, siyasi ve kültürel baskılara maruz kalmıştır.