Yıkılmış bir hastanenin enkazında, herkesin ölümle sustuğunu sandığı bir gecede bir bebek bulunur. Ne yere düşer ne de göğe karışır. Yaşlı bir meczup onu kucağına aldığında, bu çocuğun sıradan bir hayat yaşamayacağını anlar ve ona Yolcu adını verir.
Yıllar sonra Yolcu'nun varlığı, yalnızca kendi sırrını değil, dünyanın karanlıkta sakladığı başka sırları da ortaya çıkarır. Topkapı Sarayı'nda kaybolan bir kitap, Atlas Okyanusu'ndaki gizli ada, yetimhanelerde büyüyen çocuklar ve insanlığı kendi istediği biçime sokmaya çalışan gölgeli bir yapı aynı yolun üzerinde birleşir.
Bu yol, gücün peşinden gidenlerle insanın yarasını iyileştirmeye çalışanları karşı karşıya getirir. Tijen, kusursuz bir düzen kurmak isterken insan kalbinin ne kadar kırılgan olduğunu unutur. Mehtap, gördüklerinin ağırlığını taşırken susmanın artık bir seçenek olmadığını fark eder. Yolcu ise kendisine verilen adın anlamını, başkalarının kaderine dokundukça öğrenir.
Şiron'un Işıkları, karanlık bir çağın ortasında insan kalbinin hâlâ değişebileceğine inananların hikâyesidir.
Her insan bir yere gider. Yolcu ise insanın içindeki en eski yaraya doğru yürür.