Başbakanlık örgütü ve bakanlık örgütlenmeleri bu çalışmanın temel inceleme konusu olan müsteşarlık sisteminin var olduğu ve geliştiği temel yapılardır. Bu yapıların başındaki başbakanlık örgütünün ve bakanlıkların, başbakan ve bakandan sonra en üst yöneticisi olarak müsteşarlar yer almıştır. İdari yapı içinde müsteşarlık yapısal bir birim olarak konumlanırken, bu birimin başındaki yönetici olarak müsteşar da bir kamu görevlisini ifade etmektedir.
Bu çalışmanın amacı; müsteşarlık sistemi hakkında tarihî arka planı da esas alarak bir inceleme ortaya koymaktır. Osmanlı Dönemi itibarıyla merkezî yönetimde bu sistemin köklerini esas alarak çalışma Cumhuriyet Dönemi'nde başbakanlık ve bakanlık müsteşarlıkları ile başbakanlığa bağlı müsteşarlıklar üzerine inşa edilmiştir.